在电子公文交换系统开发过程中还要考虑系统的稳定和数据的安全，具体说，安全措施包括五大方面:终端接入安全、传输入安全、存储安全、运行安全、机制安全，实现对系统的各个环节给予细致的保护，以保证公文在传输过程中的绝对安全。但在实际系统开发中，开发者往往只注重系统功能的实现却忽略了系统在运行、文件传输、用户登录等过程的安全，这样会给公文的安全埋下隐患。这也是目前电子公文交换系统普遍存在的问题，这些问题的存在一定程度上也阻碍了电子公文交换系统的推广和应用。